惠远寺建寺于清雍正七年（公元1729年）。当时，蒙古准噶尔部入侵西藏，藏区秩序十分混乱。为保障七世达赖的安全，清政府特选定乾宁（原泰宁）这块莲花宝地修建寺庙。清政府专为建寺拨出库银，动用了大量工匠和民工，仿照西方佛寺及内地的形式，修建了规模宏伟，建造独特，金壁辉煌的寺庙。寺院占地500亩，修建1000余间僧舍。
寺庙建成以后，雍正皇帝钦定寺名，亲书匾额《惠远寺》。并派专人迎请七世达赖来该寺居住，达赖驻锡该寺达七年之久（公元1728－1735）。雍正皇帝特派其御弟，时任理藩院主事的果亲王允许、国师章嘉呼图克图邓高惠远寺经办七世达赖返藏事宜。达赖行前要求将惠远寺交付他继续管理，经允许后，七世达赖留下堪布1人，喇嘛、扎巴70多人守佛颂经。清政府每年支付白银七百七拾两，作为该寺的香火供奉费（一直到民国末年）。道光十八年（公元1838年），十一世达赖克珠嘉措诞生于惠远寺附近的下村，并从惠远寺起程，由专人护送去拉萨。由此，惠远寺的声誉进一步的提高，该寺因享有：“九龙”（代表中央王朝），“九狮”（代表政教合一的西藏地方政府）的崇高尊号而名扬全藏区乃至国内外。
“民改”时，经政府批准惠远寺被确定为保留寺庙，不仅没有受到破坏，还专门留下三十位喇嘛扎巴管理寺庙。但是，在“文革”期间，惠远寺和宗教陈设全部被查抄，许多无价之宝的文物被毁，除大殿外壳以外，其余的寺庙建筑也被毁。
在党的十一届三中全会以后，恢复和落实了党的正确的民族宗教政策。1982年，经甘孜州人民政府批准惠远寺为开放寺院，在“级左”时期被占用的寺庙的寺产退还寺庙，国家先后拨款23万余元，对惠远寺进行了维修。在级左路线中受到冤假错案的上层爱国进步的宗教界人士戈教活佛、牛麦郎加活佛等得到了平反，政治上恢复了名誉。觅掘找回了将移作猪厩地板的石碑。现立于殿宇两侧。石碑共有五座。计：雍正九年（公元1731年）《御制惠远寺碑》蒙、汉文石刻各一座，《果亲王渝惠远寺奉碑》一座，同治四年（公元1865年）四川候补道史致康《泰宁惠远寺碑记》一座，参差排列，记述了该寺的修建历史。
惠远寺现有两位活佛，第二序位牛麦郎加活佛系民改前认定的活佛，第一序位第四世戈教活佛于1992年5元26日经甘孜州人民政府核批的全州第一位转世活佛，也是新中国建立起来第一名由人民政府核批的转世活佛。该寺现有僧侣208人，其中堪布1人，寺管成员15名。
长期以来，惠远寺宗教爱国人士和寺管会坚持高举爱国主义旗帜，积极在僧众和广大信教群众中开展爱国主义教育，坚持维护祖国统一、维护民族团结，为维护当地的政治稳定和社会安定作了大量卓有成效的工作。该寺自82年重新开放以来没有出现过一位僧侣私自出境情况，没有在寺庙僧众发生一起贴反动标语、撒反动传单、散布反动言论等有损于祖国统一和民族团结的案件和行为的事情。在全州藏传佛教寺庙中树立高举爱国注意旗帜，反对民族分裂、维护祖国统一和民族团结的榜样。
培养僧侣方面，刚入寺者先在寺院学习藏文基础知识，然后学习基础性经文及语法、书画等。经文达到一定水平后，有少数到拉萨哲蚌寺、阿坝州阿坝县嘎地寺、石渠色须寺、塔公佛学院等进一步学习深造。为了僧侣不必去远方他乡求经学习，该寺特从石渠色须寺和昌都扎亚寺请出来格西为广大僧侣授佛学知识。这样就能打消僧侣私自出境求学的念头。
惠远寺地处偏僻，当地的经济较落后，寺庙以寺养寺方面困难较多，信教群众也没有什么可靠的收入，尽管如此，寺庙还是克服众多困难保障格西及部分学员的基本生活补助，目的是能留住僧侣，不让他们出境。